星湖科技建立了健全的质量管理组织架构，公司设立质量部，全面负责公司质量管理工作；各下属厂均设置各自的质量科并设有厂的检验室，负责各自的中间体和成品的检测；各车间还有检验室，负责生产过程的监控，形成了一个由两百多人组成的质量监控体系。

公司拥有一支技术过硬、经验丰富的质量管理团队，配备了高效液相色谱、气相色谱、原子吸收光谱仪、红外分光光度计、紫外分光光度计等一大批先进分析仪器设备，为保障产品质量奠定基础。

公司通过了ISO9001：2008质量管理体系认证；星湖生化制药厂通过了GMP认证；利巴韦林产品通过了美国FDA认证；核苷酸产品通过了QS、HACCP、HALAL和KOSHER认证；肌苷、脯氨酸原料药通过KOSHER认证； 脯氨酸产品通过欧洲药典委员会COS认证；苏氨酸产品通过HACCP认证和欧洲FAMI-QS认证。完善的质量管理体系保证了公司产品品质要求，产品深受客户欢迎，远销欧、美、东南亚等许多国家。